Giovanni Paganin nasce ad Asiago, sull’omonimo altopiano in provincia di Vicenza, nel 1913.
Esercita il mestiere di falegname ebanista, grazie all’aiuto del padre capomastro, realizzando allo stesso tempo le sue prime sculture in creta e gesso. Nel 1938 decide di trasferirsi a Milano e praticare l’attività di scultore. Frequenta l’ambiente milanese, inserendosi subito nella Bottega di Corrente, dove viene allestita con successo la sua prima mostra personale nel 1941, con la presentazione di Duilio Morosini.
Richiamato alle armi e inviato al fronte albanese, Paganin rientra a Milano, dopo varie vicessitudini solo nel 1945, dove, l’anno successivo, firma lo storico manifesto Oltre Guernica insieme a Morlotti, Testori, Vedova, Cassinari e altri critici e artisti.
Nel frattempo nel 1943 aveva sposato la pittrice Dolores Vescovi. Nell’autunno del 1946, a causa di una grave forma asmatica contratta in guerra, è costretto a ritornare al suo paese d’origine. Durante il forzato ritiro ad Asiago, nonostante le precarie condizioni di salute, Paganin scolpisce statue in legno che presenterà poi, nel 1947, alla Galleria Borgonuovo di Milano. E’ la sua seconda personale, accolta con grande fervore ed entusiasmo dalla critica, in particolare da Marco Valsecchi e Carlo Carrà. La malattia non gli impedirà di partecipare in quegli anni alle maggiori rassegne espositive nazionali: nel 1947 è invitato alla quadriennale di Torino, nel 1948 alla biennale di Venezia.
Nel 1952, guarito dalla malattia, ritorna finalmente a Milano. In quello stesso anno comincia a insegnare all’Accademia di Brera, ma solo nel 1961 vince la cattedra di Figura e Ornato al liceo artistico di Venezia e poi di Milano. Mentre insegna, continua la sua attività di scultore, partecipando a rassegne e mostre collettive. Nel 1957 realizza la terza personale presso la Galleria delle Ore. Più volte è presente al premio internazionale del Bronzetto di Padova e alla Biennale Nazionale d’Arte “Città di Milano” della Società per le Belle Arti ed Esposizione Permanente.